同じものを自動終了モードとタイマーモードで長く測定した場合得られた結果が違う【水分計】

自動終了モードでは完全に乾燥できていないと思われます。
測定物を砕いて全体的に熱が加わるようにしてください。
目標となる結果が得られるように温度や加熱時間などの条件を変えてテストしてください。